Obra de Federico Newman, fue inaugurado el 2 de febrero de 1877 con la presencia del entonces ministro de Gobierno, Dr. José María Montero, y el obispo de Montevideo, Jacinto Vera.
Los impulsores de su construcción en Lezica fueron Lanus y Fynn. Como integrantes de la sociedad Lezica, ofrecen a la congregación salesiana la Iglesia y los edificios sitos en Avda. Isabel La Católica, edificados en 1873, con la finalidad de instalar en él un internado para alumnos, especialmente del interior del país.
Además de la Iglesia consagrada originalmente a Santa Rosa de Lima, patrona de las Américas, y desde 1888 Santuario Nacional de María Auxiliadora, la edificación contiene aulas para escolares y liceales, y un museo.
Observatorio
En su parte superior se destaca un observatorio que se complementa con el Observatorio Meteorológico que está situado dos manzanas detrás y que fue inaugurado el 7de mayo de 1882, siendo el primero del Uruguay y desde el cual se emitía la hora oficial a partir del año 1896.
En 1883 fue trasladado de su lugar original -fondos del Colegio- a una amplia torre de dos pisos. Luis Morandi, clérigo salesiano, fue el director del observatorio durante 15 años.
Hoy el Colegio cuenta con diferentes salas dedicadas a Museo:
- Museo Histórico “Monseñor Luis Lasagna”
Exposición permanente: los Salesianos en el Uruguay; historia del Colegio Pío y sus alumnos; historia de Villa Colón. Espacio interactivo con viejas fotografías. Visitas guiadas (opcionales). Exposición temporaria: “El teatro en el Colegio Pío”. - Museo de Ciencias Naturales “P. Luis Marzorati”
Exposición de minerales, fósiles y fauna. Exposición “Fondo del mar”. Visitas guiadas (opcionales). Muestra “Los fósiles del Colegio Pío”. Espacio interactivo con el taxidermista (embalsamador). - Museo del Observatorio Meteorológico del Colegio Pío
Visitas guiadas a cargo de meteorólogos. Acceso al mirador de la torre y telescopio. Exposición permanente de aparatos meteorológicos y astronómicos del siglo XIX, boletines y libros de registro. Exposición temporaria: “Los primeros 80 años de la Meteorología Uruguaya en el siglo XX” (coorganizada con la Dirección Nacional de Meteorología).